地中海果蝇（Ceratitis capitata) 是影响埃及柑橘发展的主要障碍，尤其在出口方面。美国农业局在一份报告中指出，为了确保出口水果的质量和数量，埃及政府在针对果蝇的项目上投入了大量资金。
包括俄国和乌克兰在内的一些进口埃及水果的国家，也已经开始抱怨果蝇带来的影响。根据Quarantine中央部门报道，莫斯科已经拒绝大多数埃及进口水果。
该部门指出，很多国家为了防止虫害影响到当地的农田，都纷纷拒绝运输这些被已经感染的水果。
Al Fayrouz 公司负责出口农作物的Imad Mahdi说，提高质量会帮助维持当前对农作物的需求量，确保在未来稳步增长。
最近报道称，在2017年10月，埃及决定采取进一步措施，减少农药残留和虫害以求提高果蔬质量。
农作物出口委员会和农业部宣布了对有机农场的规定政策，他们针对出口农场进行了注册和编码，也遵守了新的食品安全体系。
Baroun农业投资公司的负责出口的经理Hind Al Baroun说，这个编码系统通过更好的控制耕作方法和对农药更有效的管理措施大大提高了水果的品质。
去年，农作物出口委员会已经注册了葡萄，草莓和辣椒农场。通过这种注册，提高了对农药使用的管理。但是柑橘农场还没有进入到系统中。
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