爱沙尼亚的有机区占其农业总面积的18%，在欧盟排名第三。尽管近年来消费者对有机食品的需求显著增加，但爱沙尼亚有机食品工业仍然面临着加工能力低下的挑战。对进口消费型有机食品、柑橘类水果和新鲜蔬菜的需求预计将保持强劲，包括有机甘薯。
寻求有机认证的农民或其他利益相关者可根据具体需要申请AB或VFB认证。AB标签涵盖对有机农业的整体监管；VFB标签涵盖有机食品和饲料加工、餐饮、营销和贸易（包括进口）。
标记
经认证的农民和加工商有资格在其产品上贴上欧盟有机标志，这是包装产品的强制性标志。爱沙尼亚有机标志也可以被使用。
有机产品标签必须注明成分的原产国，通常包括“爱沙尼亚农业”，“欧盟农业”，“非欧盟农业”，“欧盟/非欧盟农业”等术语。要贴上有机标签，加工产品必须含有至少95%（按重量计）的认证有机成分。
